Ich hatte immer das Problem, dass neue AVR Studio Installationen (obwohl dort mittlerweile die *.cab Zertifikate auf 2014 erweitert wurden) keine Hilfe vorhanden war.
Das ganze liegt daran, dass das Zertifikat von VerSign (Das ist die Stelle die Zertifikate für *.exe und *.cab's bei Atmel erstellt) bei Microsoft (in WindowsXP) 2006 Abgelaufen ist, dies ist zwar mittlerweile erneuert, aber irgendwie kam dieses Update nicht Automatisch...
Was ich soweit mitbekommen habe, betrifft dies nur Windows XP.
Lösung :
Geht auf den Link http://support.microsoft.com/kb/931125 dort runter Scrollen bis zu "rootsupd.exe"
Ich kann es leider nicht direkt verlinken, da Microsoft hierfür auch mal eine Überprüfung der Echtheit eurer WindowsXP Installation macht. Ihr solltet auf die Seite gelangen (2009) damit habe ich es getestet :
Mittlerweile habe ich noch eine Neuere Version gefunden, ich weiß nicht, ob es mit der neueren auch geht aber der vollständigkeit halber hier mal das neueste Update 2011)
http://www.microsoft.com/downloads/de-de/details.aspx?FamilyID=C3F0C3FB-BCBB-40F5-BC23-A695651C330E
Wichtig das rootsupd.exe muss als Admin ausgeführt werden. Bitte wundert euch nicht, nach dem Ausführen als Admin seht ihr kein weiteres Fenster das sich öfnet.. Ihr seht einfach garnichts -> naja Microsoft ...
So. Wenn ihr bis jetzt gekommen seid, einfach wie schon einmal beschrieben 
dort auf 
-> den Pfad eventuell Anpassen ... 
und auf next. Unter "AVR Studio" müsst ihr hinten noch auf ADD klicken, dann auf Update.
...
Nur sollte er jetzt nach dem Entpacken der Files nicht mehr Abbrechen. Eventuell kommt ein Fenster mit dem Namen "Security Alert"
Wenn ihr euch nicht sicher seid ...so sollte das Aussehen...
Habt ihr oben nun mit Yes bestätigt, sollte nach kurzer Zeit endlich der erhoffte Screen erscheinen :
Sowie im Help Library Manager -> 
Jetzt klappt es auch mit der Hilfe